Kehadiran Ekonomi Islam pada awal berdirinya tahun 2007 merupakan
salah satu prodi yang baru dari Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam IAIN Sultan
Amai Gorontalo, berdasarkan surat Nomor. Dj. I/145/2007 tangal 4 April 2007
tentang persetujuan perubahan prodi pada IAIN Sultan Amai Gorontalo: Muamalah
menjadi Ekonomi Islam. Berdasarkan surat tersebut kemudian dikeluarkan izin
penyelenggaraan Prodi Ekonomi Islam (EI) didasarkan pada Surat Keputusan
Direktur Jenderal Pendidikan Islam. Program Studi Ekonomi Islam (EI) ini
beralamat di Jalan Gelatik Nomor 1 Kelurahan Heledulaa Selatan Kecamatan Kota
Timur Kota Gorontalo Provinsi Gorontalo.Seiring perkembangan dan kemajuan
yang di capai maka pada tahun 2012 diajukan program studi baru yakni prodi.
Perbankan Syariah dan pada tahun 2012 pula izin penyelenggarannnya
dikeluarkan dengan nomor 1180 tahun 2012 tanggal 13 Agustus 2012,
berdasarkan perkembangan tersebut maka kami berinisiatif untuk membuka
Fakultas baru yakni Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, yang pada dasarnya
dianggap layak untuk di mekarkan dari Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam
dengan dasar pertimbangan sumber daya Dosen, jumlah mahasiswa, fasilitas dan
infrastruktur lainnya telah dianggap memenuhi syarat untuk di kembangkan
menjadi fakultas baru yakni Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.
Pada tahun 2017 bertepatan dengan berdirinya Fakultas Ekonomi dan
Bisnis Islam IAIN Sultan Amai Gorontalo, terbentuk 2 jurusan baru yaitu Jurusan
Manajemen Keuangan Syariah dan Jurusan Akuntansi syariah, sehingga sampai
saat ini FEBI IAIN Sultan Amai Gorontalo telah memiliki 4 Jurusan, yang berlokasi
di desa Pone Kecamatan Limboto Barat.
Pada saat ini Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Sultan Amai
Gorontalo sebagai unsur pelaksna Institusi yang mengkaji, mengembangkan dan
menerapkan ilmu pengetahuan dibidang pendidikan/pengajaran, penelitian dan
pengabdian pada masayarakat khususnya pada ekonomi syariah, perbankan
syariah, manajemen keuangan syariah dan akuntansi syariah.